Oltre alla documentazione prodotta dall'Amministrazione, l’Archivio Storico custodisce numerosi altri fondi. 
Di seguito si riportano i principali archivi, unitamente alle informazioni sulla consultazione dei relativi strumenti di corredo. 

L'Archivio storico comunale conserva gli atti prodotti dall'amministrazione cittadina dal XVI secolo al 1951, nonché il carteggio amministrativo dell'ente dal 1952 al 1980. Il fondo documentario è suddiviso in tre sezioni, legate a momenti successivi di riordino:

 -Sezione archivio storico municipale XVI-XIX sec., 581 buste

Tra questa documentazione si trova anche quella relativa ai Chiosi, i comuni rurali del circondario, annessi alla città nel 1877. Rientrano formalmente in questa sezione anche alcune raccolte documentarie, costituite, con ogni probabilità estraendo le carte dagli originari fascicoli dell'archivio comunale. Si tratta (Ci si riferisce agli) degli "Editti del periodo napoleonico (1796-1799)", rilegati in 6 volumi; della collezione di "Avvisi del Governo provvisorio di Milano (1848)", comprendente proclami e manifesti emanati dal Governo provvisorio di Milano e dal successivo Governo provvisorio di Lombardia e dei documenti legati all'attività del "Comitato lodigiano per i soccorsi alla Sicilia (1860-1862)", che testimoniano l'impegno per la raccolta di fondi e l'attività di sostegno alle famiglie dei militari impegnati nelle campagne garibaldine nell'Italia meridionale. Oltre a questi si segnala la raccolta dei "Documenti del Risorgimento italiano presentati alla mostra di Torino del 1884 dal Comune di Lodi".

 -Sezione archivio storico comunale 1859-1900, 76 buste
 -Sezione archivio storico comunale 1901-1951, 252 buste

I documenti conservati, essenzialmente di carattere amministrativo, permettono di ricostruire il quadro istituzionale e di indagare le linee di intervento delle diverse amministrazioni succedutesi nel governo della città.
Accanto al carteggio sono conservate le serie dei registri comunali che comprendono:
 -Libri delle provvisioni, 1490-1778, 333 registri: riportano minute e deliberazioni del Consiglio maggiore e del Consiglio minore della città.
 -Libri diversorum, 1500-1755, 134 registri: redatti dai segretari della comunità, raccolgono le trascrizioni dei documenti più importanti per l'amministrazione cittadina.
 -Registri dei Conservatori del patrimonio, 1626-1731, 11 registri: compilati dal cancelliere comunale, riportano le lettere patenti contenenti le decisioni prese dagli organismi amministrativi superiori in materia di patrimonio.
 -Registri della Congregazione del patrimonio, 30 registri che a partire dal 1755 sostituì i conservatori del patrimonio.
 -Registri delle Congregazioni del Contado, 1596-1759, 102 registri: riportano minute e deliberazioni delle due congregazioni, maggiore e minore, del Contado, cui era affidata la gestione politica e amministrativa del territorio extra-cittadino.
 -Registri di protocollo, 1806-1951, 487 registri.
 -Repertori degli atti comunali, 1795-1969, 193 registri.
 -Registri contabili, XIX-XX secolo, 403 registri. 
 -Registri delle deliberazioni della Giunta municipale, 1900-1961, 35 registri.
 -Registri delle deliberazioni del Consiglio comunale, 1901-1961, 24 registri.
 -Registri delle deliberazioni del Podestà, 1927-1945, 18 registri.
È presente anche un Fondo Diplomatico (1159-XX secolo), costituito da 418 unità archivistiche, con atti di diversa natura, sia pubblica sia privata.La documentazione fino al 1951 è ordinata e inventariata; quanto al carteggio dal 1952 al 1980 è ordinato, ma non inventariato: tuttavia è consultabile.

La documentazione è consultabile grazie a 4 diversi inventari, risultato di successivi interventi di riordino e descrizione del materiale.
Per la Sezione archivio storico municipale XVI-XIX sec. sono disponibili due inventari: il primo, più datato, è il Catalogo dell'Archivio storico municipale, realizzato da Giuseppe Agnelli nel 1936. Agnelli suddivise la documentazione in 13 sezioni, individuando all'interno di ogni sezione diverse categorie tematiche. Il Catalogo dell'Agnelli, pur avendo il difetto di presentare una descrizione del contenuto delle buste piuttosto sommaria e lacunosa resta, ad oggi, l'unico strumento per la consultazione della documentazione del periodo napoleonico e risorgimentale. Per quanto riguarda il materiale relativo al periodo di ancién regime è disponibile, invece, un successivo inventario, realizzato negli anni Novanta del Novecento (Progetto Archidata) che presenta una schedatura analitica e scientifica delle unità archivistiche.

Si riportano di seguito i link a cui è possibile visionare copia degli inventari.

Catalogo Archivio storico municipale:

Inventario della documentazione di ancièn regime (Progetto Archidata). Sono riportate le descrizioni introduttive alle singole serie archivistiche:

Per le Sezioni del carteggiodal 1859 al 1900 e dal 1900 al 1951 sono disponibili due inventari, entrambirisultato di un riordino effettuato negli anni Cinquanta del Novecento daAntonio Devizzi:

Il carteggio amministrativo del periodo 1952- 1980 non è inventariato, ma organizzato sulla base del titolario comunale.

L'Ufficio del giudice conciliatore fu istituitoa Lodi a partire dal 20 gennaio 1867, con sede in via Pompeia 59, attuale viaXX settembre. Come primo conciliatore venne nominato il notaio BassanoSilvetti. L'attività dell'ufficio terminò nel maggio 1995 quando entrò invigore la riforma dell'ordinamento giudiziario italiano. L'Archivio del giudiceconciliatore di Lodi è stato versato all'Archivio storico comunale in duemomenti distinti, il primo alla fine degli anni Ottanta del XX secolo, ilsecondo nel dicembre del 2008. Il fondo si presenta alquanto lacunoso, mancainfatti, con l'eccezione degli anni 1985-1997, il carteggio relativo all'attività delconciliatore e ai procedimenti portati poi a sentenza; sono invece conservatila maggior parte dei volumi con la raccolta dei pronunciamenti del giudice. Ilfondo è riordinato e inventariato. 

L'Archivio notarile rappresenta uno dei principali complessi documentari dell'Archivio storico comunale. Il fondo, così com'è strutturato, è eredità napoleonica. Fu Napoleone, infatti, ad ordinare che in ogni dipartimento del Regno d'Italia fosse istituito un archivio notarile generale, obbligando i notai e gli enti, laici e religiosi, a concentrare i propri atti in un'unica struttura. Le disposizioni napoleoniche assegnavano all'archivio notarile di Lodi un ruolo sussidiario rispetto a quello di Cremona e la giurisdizione su un territorio che comprendeva buona parte del territorio cremasco. L'archivio restò aperto al pubblico, nel Salone dei notai della Biblioteca Laudense, dal 1881 al 1964, anno in cui cessò l'attività. Fu previsto il trasferimento delle carte a Milano, ma le autorità cittadine si opposero allo spostamento e la documentazione restò a Lodi. Sono qui conservati atti pubblici e privati, doti, testamenti, contratti di vendita e d'affitto di più di 600 notai, dal XIV al XIX secolo. Nel fondo sono comprese anche le carte del Collegio notarile di Lodi (XVIII-XIX secolo) e del Collegio notarile di Crema (1450-1758).

Archivio

Pervenuto contestualmente all'archivio notarile comprende 39 registri membranacei che riportano le sentenze penali del podestà di Crema nonché atti giudiziari relativi a procedimenti civili di Crema e del suo territorio.

Altre carte di provenienza cremasca sono state raccolte nel piccolo fondo denominato Crema che comprende avvisi, proclami e libelli del governo provvisorio di Crema, costituitosi in seguito ai moti risorgimentali del 1848, documentazione di carattere ecclesiastico e poche carte del vescovo Tommaso Ronna.

Il fondo conserva le carte della Provincia di Lodi e Crema dal 1816 al 1859 e quelle della successiva Sottoprefettura, istituita in seguito alla soppressione della provincia e all'annessione del Lombardo Veneto al Regno di Sardegna. Sono conservati documenti di varia natura: statistiche, delibere, ordinanze, contratti, carteggio amministrativo. Costituiscono una fonte privilegiata per la conoscenza delle istituzioni, laiche e religiose, presenti sul territorio lodigiano e cremasco. Il fondo, di circa 275 buste, non è riordinato, ma la consultazione è comunque possibile grazie a un elenco di consistenza.

Diversi sono i nuclei di documentazione checostituiscono il fondo: i principali riguardano le due Congregazioni del canaleMuzza, quella milanese e quella lodigiana, che confluirono nel 1884 nell'unicaCongregazione di Muzza, convertita successivamente nell'attuale Consorzio diBonifica Muzza Bassa Lodigiana (1989). Scopo delle congregazioni era ditutelare i diritti degli utenti del canale quanto a regolazione e distribuzionedell'acqua utilizzata per l'irrigazione. Sono conservati atti amministrativi econtabili, ma anche documentazione tecnica relativa alla gestione emanutenzione delle rogge e delle singole bocche, alla regolazione eripartizione delle acque e alle richieste per ottenerne la derivazione. Ilfondo è riordinato e inventariato.

Il fondo raccoglie la documentazione amministrativa e sanitaria dell'Ospedale Maggiore, unitamente alle carte provenienti dagli archivi degli hospitali soppressi e aggregati all'atto della sua fondazione (1457). L'archivio è suddiviso in due sezioni: un parte antica, comprendente la documentazione medievale e di antico regime e una parte moderna, che raccoglie materiale dal XIX al XX secolo. Oltre ai documenti legati all'attività ospedaliera si conserva la documentazione relativa alla gestione del patrimonio fondiario dell'ente, proprietario di alcune delle più importanti cascine del territorio. È presente anche una Collezione di disegni e mappe dell'Ospedale Maggiore di Lodi legata a lavori eseguiti in alcune cascine e a territori dove l'ente aveva dei possedimenti. Accanto ai documenti amministrativi e contabili è conservata anche la documentazione sanitaria. A riguardo si segnala in particolare la serie completa, dal 1800 al 1950, dei registri nosologici, di accettazione e di sala.Complessivamente l'archivio, riordinato e inventariato, conta 273 buste e oltre 740 registri nella sezione antica, 373 buste e 1.300 registri in quella moderna. 

L'Ospedale Fissiraga, fondato per iniziativa dellafamiglia Fissiraga tra il 1768 e il 1774, cessò l'attività nel 1978, in seguitoalla riforma del Sistema sanitario nazionale. L'archivio conservadocumentazione relativa all'attività dell'ospedale unitamente a carte relativealla gestione del patrimonio della famiglia fondatrice. Scarsa ladocumentazione di carattere sanitario.

Il fondo conserva la documentazione relativa alla fabbriceria del tempio civico dedicato alla Vergine Incoronata, fondato a Lodi nel 1487 e quella successiva legata all'attività della Veneranda schola dell'Incoronata (dal 1497) e dell'annesso Monte di Pietà (dal 1512). L'archivio rispetta la storia di queste istituzioni e delle loro trasformazioni, fino alla cessazione dell'amministrazione autonoma degli enti che, nel 1808, passarono sotto il controllo amministrativo della Congregazione di Carità. Successivamente l'archivio ha seguito le vicende storico istituzionali del Monte di Pietà, mescolandosi con le carte di altri istituti di assistenza e beneficenza. Il materiale è riordinato e inventariato solo per la parte documentaria relativa al periodo fino al 1808; la documentazione successiva, infatti, è conservata all'interno dell'archivio del cessato Ente Comunale di Assistenza (Eca), non ancora riordinato. 

Soppresso nel 1977 l'Eca rappresentò l'ultimo istituto di concentramento amministrativo degli enti di assistenza e beneficenza cittadini, sia laici sia religiosi. L'archivio raccoglie la documentazione della precedente Congregazione di Carità, istituita nel 1808 e comprendente fondi documentari di istituti sanitari (gli ospedali Maggiore e Fissiraga), di enti assistenziali, quali la Casa d'industria e di ricovero, l'Istituto elemosiniero, la Scuola dell'Incoronata e il Monte di Pietà, gli orfanotrofi maschile e femminile e l'Opera pia asili d'infanzia. La consistente documentazione comprende circa 1.100 buste di carteggio, 1.500 registri e oltre un migliaio di pacchi di materiale vario afferente a particolari serie (contabilità, libretti di assistenza e altro). Questo complesso documentario racconta, nei suoi vari aspetti, la storia degli enti assistenziali presenti sul territorio e degli enti governativi preposti alla loro amministrazione negli ultimi due secoli. Nel fondo si trova pure documentazione relativa all'Eredità Corrado e Astorri (XVI-XVIII secolo) consistente in una raccolta miscellanea (41 filze) di carte legate all'amministrazione dell'eredità Corrado e Astorri e del beneficio della Chiesa di San Giuliano in Lodi.
L'archivio è riordinato solo in minima parte e parzialmente consultabile grazie ad un elenco topografico del materiale.

Vi si trovano gli atti di alcuni agrimensori lodigiani. Si tratta di materiali di notevole importanza per la storia della proprietà fondiaria e del paesaggio agrario nel basso lodigiano. Il fondo composto da 59 buste, non è riordinato e si presenta nella sua fisionomia originaria. La documentazione è consultabile grazie a un indice manoscritto per luoghi ed enti e un indice analitico per cartella.

L'archiviostorico comunale conserva anche alcuni archivi di famiglia e persone. Traquesti:

- Fondo Famiglia Ghisilieri, XV-XX secolo, 11 buste: di piccole dimensioni, raccoglie parte delle carte dellafamiglia bolognese Ghisilieri, una delle più prestigiose e facoltose dellacittà, pervenute all'archivio per donazione della contessa Ippolita Barni diRoncadello. Il fondo non è ordinato e non ha strumenti di consultazione.

- Archivio Clodoaldo Fugazza (1747-1823), 8 fascicoli: medico e letterato, fu direttore della Biblioteca comunalelaudense dal 1805 al 1823. Il fondo comprende documentazione relativa alla suaattività di medico e professore e la corrispondenza con diverse persone eistituzioni. Sono pure conservati 50 disegni anatomici relativi alle osservazionimedico-scientifiche effettuate durante la sua attività di direttore dellascuola di ostetricia dell'Ospedale Maggiore di Lodi. Il fondo non è ordinato enon ha strumenti di consultazione.

- Carte Cesare Vignati (1814-1900) e Carte Giovanni Agnelli (1848-1926)Si tratta, in entrambi i casi, di raccoltemiscellanee formate dai due studiosi lodigiani nel corso delle loro ricerche.Le raccolte comprendono documenti di varia tipologia (editti, circolari,statuti, manoscritti) e di diversa natura, sia pubblica sia privata. L'arcocronologico coperto dalla documentazione spazia dal XIV al XIX secolo. I fondi,ad oggi, non sono inventariati. 

- Archivio Alessandro Riccardi (1860-1890), XIV-XIX secolo, 12 buste: comprende il materiale raccolto dallo studioso,archivista e paleografo, nel corso delle sue ricerche dedicate alla storia delterritorio attraversato dal Po, nelle zone tra Pavia e Cremona, ed effettuateattingendo notizie (e spesso anche materiale documentario originale) dagliarchivi del principe Emiliano Barbiano di Belgioioso, dall'archivio dellaRoggia Colombana e da quello della fabbrica di San Nazzaro (conservati aMilano). L'archivio non è riordinato né inventariato.

- Archivio Giovanni Baroni (1860-1949), 17 buste: avvocato specializzato in campo agrario fu, dal 1926 al 1949,direttore della Biblioteca comunale laudense alla quale lasciò la sua raccoltadi libri e il suo archivio privato, conservato oggi presso l'Archivio comunale.Si tratta di documenti vari relativi alla gestione della biblioteca e del museocivico, non solo dal punto di vista amministrativo ma anche da quelloculturale, che consentono di ricostruire la storia e l'attività di questiistituti e documentare la vivace presenza di Baroni nella vita politica esociale della città, le sue relazioni con altre istituzioni culturali e il suonotevole lavoro di storico locale. Il fondo non è ordinato e non ha strumentidi consultazione.

- Fondo Migliorini - Famiglia Crociolani, XVIII- inizi XX secolo, 2 scatoloni: piccola raccolta documentaria pervenuta all'Archivio comunale inseguito a deposito da parte di Livio Migliorini, comprende materialeproveniente dalla famiglia Crociolani, appartenente all'alta borghesiacittadina. Si segnalano i diari manoscritti di Genebardo Crociolani,  giovane rampollo della famiglia, che nel1848, abbandonati gli studi giuridici all'Università di Pavia, si arruolòvolontario nel Battaglione degli studenti lombardi, per partecipare alla Primaguerra d'indipendenza. Il fondo è in corso di riordino e inventariazione. 

- Miscellanea famiglie nobili, XVI-XVIII secolo, 5 buste: fondo miscellaneo, di provenienza incerta,costituito da unità archivistiche contenenti carte relative alla gestionepatrimoniale di alcune famiglie nobili cremasche e lodigiane: Albergoni,Gambazzocchi, Vimercati, Modegnani, Legnani. La documentazione non èattualmente inventariata. 
L’inventariodel fondo della Famiglia Vimercati èdisponibile al link https://lombardiarchivi.servizirl.it/fonds/120567

- Archivio Luigi Gedda (1902-2000): versato all'archivio comunale dalla Fondazione Vittorino Colombo, che ne mantiene la proprietà, consta di oltre 400 buste che testimoniano l'attività di Gedda, medico e genetista, dirigente dell'Azione Cattolica nel primo dopoguerra e fondatore dei "Comitati Civici" nel cruciale biennio 1946-1948. La documentazione al momento è priva di inventario analitico ma è descritta sinteticamente in un elenco di consistenza. 

Oltre a questi complessi documentari più consistenti e strutturati, l'Archivio comunale conserva alcune raccolte di carte, formatesi dallo spoglio di fondi più grandi e risultato del gusto per le collezioni documentarie particolarmente in voga tra gli studiosi del XIX secolo. Tra queste, di sicuro interesse, sono la raccolta di Avvisi e manifesti teatrali (1818-1865 ca.) e il Fondo manifesti: la prima raccoglie circa 381 manifesti e locandine di spettacoli e intrattenimenti rappresentati nei teatri cittadini dal 1818 al 1865; il secondo comprende manifesti e proclami che coprono l'intero periodo risorgimentale e postunitario. Notevoli sono pure la Collezione di mappe del territorio lodigiano, costituita da più di 300 carte di grandi e piccole dimensioni e la Collezione dei disegni manoscritti e a stampa, delle fotoriproduzioni e delle fotografie che comprende circa 200 tra disegni, fotografie e acquerelli di varia tematica risalenti ai secoli XVIII-XX.

Altra raccolta particolarmente significativa è quella degli Atti di governo: 178 fascicoli che conservano avvisi, bollettini, circolari, decreti, notificazioni e proclami delle autorità che si sono succedute nell'amministrazione del Ducato di Milano, del Regno Lombardo Veneto e infine del Regno d'Italia, coprendo un arco cronologico che va dal 1422 al 1884. Accanto a questa vi è pure la raccolta di Avvisi, atti, notificazioni amministrative, circolari e proclami a stampa prodotti dai governi e amministrazioni della città di Lodi, che raccoglie, in 50 fascicoli, documentazione che va dal 1603 al 1854.

Recente acquisto è la collezione donata, nel 2010, dal giornalista e scrittore Mino Rossi. Appassionato studioso della figura della principessa Cristina Trivulzio di Belgioioso, Rossi ha voluto cedere all'Archivio comunale copia della documentazione raccolta nel corso dei propri studi, oltre a diversi volumi dedicati alla figura della nobildonna. Nel complesso, la documentazione non dà vita ad un vero e proprio fondo archivistico: la maggior parte del materiale è in fotocopia, ma costituisce un buona fonte bibliografica per chi desideri approfondire la conoscenza del personaggio Belgioioso e del contesto storico in cui è vissuta.

Sono poi conservati alcuni piccoli fondi miscellanei, di varia consistenza e provenienza, tra questi: una busta contenente documentazione relativa al vescovo Giovanni Antonio Della Beretta (vescovo di Lodi dal 1785 al 1816); carteggio e altri documenti relativi a Gemello Villa e la raccolta di alcune poesie autografe di Filiberto Villani (deceduto nel 1709) e di Francesco de Lemene (1634 - 1704).